Pode estar ocorrendo uma das seguintes situações:

1. Existe alguma seleção ativa que esteja excluindo alguns processos, neste caso clique em Selecionar e altere a seleção ou opte por Todas as pastas.
2. Os processos que faltam podem estar vinculados a foros que não possuem uma sigla cadastrada. Neste caso identifique os foros destes processos e abra a tabela de foros preenchendo o campo SIGLA com a sigla correspondente ao tribunal de acordo com a tabela em http://www.virtuem.com.br/tribunais.